W krypcie Mikołaja Prażmowskiego, zmarłego w 1673 roku, został pochowany również prymas Krzysztof Antoni Szembek, zmarły w 1743 roku. Prawdopodobnie podczas prac przy tworzeniu krypty prymasa Komorowskiego zniszczone zostały pochówki Prażmowskiego i Szembeka. Prawowici "lokatorzy" zostali przełożeni z trumien do cynowych pojemników opatrzonych inskrypcją oraz datą 1761 rok. Pojemniki wraz z nakryciami są dziś wyeksponowane. Szczątki prymasów obecnie umieszczono w trumnach i specjalnie wykonanych sarkofagach w krypcie prymasa Lipskiego.
Wraz ze szczątkami arcybiskupów zachowały się wyjątkowe i niezwykle piękne jedwabne szaty. Zostały one poddane konserwacji i obecnie stanowią część ekspozycji. Ze względu na ograniczone miejsce znajdują się w krypcie prymasa Tarnowskiego.
Przy krypcie prymasa Prażmowskiego został pochowany Jan Aleksander Paprocki - bliski współpracownik prymasa. Prosił, aby jego szczątki spoczęły u stóp patrona, którym był właśnie abp Prażmowski.