Ostatnią fundacją prymasowską w Kolegiacie Łowickiej była kaplica oraz krypta arcybiskupa Adama Ignacego Komorowskiego, zmarłego w 1759 roku. Prymas Komorowski w swoim testamencie zawarł prośbę aby jego serce zostało pochowane w Skierniewicach, a ciało złożono w Łowiczu. Ślady tego zabiegu i balsamowania zachowały się na szczątkach odnalezionych w czasie prac w łowickiej świątyni.
Oprócz fundatora został tu pochowany również prymas Władysław Aleksander Łubieński - ostatni prymas pochowany w Łowiczu. Groby te były naruszone, jednak nie przemieszane. W krypcie są dwa sarkofagi, mieszczące trumny ze szczątkami prymasowskimi.
Przed wejściem do krypty arcybiskupów, po prawej stronie jest zamurowana krypta, w której złożono szczątki osób odnalezionych w czasie prac archeologicznych w 2015 roku. Po lewej stronie znajduje się dwukomorowa krypta z XVII wieku kanonika Wacława Kunickiego. Niezwykle ciekawa jest oryginalna posadzka zachowana we wschodniej części krypty. Są tu również wyeksponowane zabytki odnalezione w czasie prac w tym miejscu: świecznik, kielich i patena.
W 1829 r. wicekustosz kolegiaty ks. Maciej Danecki dokonując okresowego porządkowania grobów, wyjął z pochówku prymasa Komorowskiego pierścień i krzyż z łańcuchem. Za co został upomniany na sesji kapituły. Insygnia nie wróciły jednak na swoje miejsce, a zostały sprzedane. Fundusze przeznaczono na konieczne wydatki kolegiaty.