Kaplica wraz z kryptą były tworzone w latach 1635-1640. Przestrzeń krypty została podzielona - adekwatnie do kaplicy - na trzy części. W najszerszej, centralnej części znajduje się krypta prymasa z zachowaną oryginalną posadzką. Wewnątrz znajduje się sarkofag z trumną, w której ułożono szczątki prymasa.
Przed wejściem do krypty znajdują się gabloty z dewocjonaliami oraz naczyniami liturgicznymi, odnalezione podczas prac. Są tu m.in. krzyżyki, zawieszki, różańce, kielich i patena. Obok są grobowce. Jeden z nich został dostawiony do krypty prymasowskiej. Pochowano tu kanoników łowickich. Warto zwrócić uwagę na elementy konstrukcyjne grobowca - dno wyłożono ceglaną posadzką, całość była nakryta kamienną płytą.
Wyposażenie krypty prymasa Wężyka było bardzo skromne. Z ciekawych i dziwnych znalezisk możemy wymienić manierkę z XIX wieku.
