Urodził się w 1589 roku, był synem sędziego ziemi rawskiej, trzecim z czternaściorga dzieci. Jego wychowaniem zajął się stryj Franciszek, kanonik gnieźnieński. Kształcił się w kolegium jezuickim w Kaliszu oraz studiował teologię i prawo we Włoszech. Do Polski wrócił w 1616 roku i przyjął święcenia kapłańskie. Po śmierci prymasa Jana Wężyka, Jan Lipski został arcybiskupem gnieźnieńskim i prymasem Polski. Zreformował zarząd dobrami arcybiskupstwa, odnowił zamek prymasowski w Łowiczu i rezydencję w Warszawie. Zbudował pałac w Łyszkowicach, czyniąc z nich letnią rezydencję prymasów. Na maj 1641 roku zwołał synod prowincjalny oraz wcześniej synod archidiecezji, zapowiedział też wizytację katedry i kapituły, jednak planów tych nie zdążył zrealizować. Jego dobrze zapowiadające się rządy przerwała nagła śmierć w 1641 roku w Łyszkowicach, w wieku 52 lat. W testamencie przeznaczył spore sumy na cele charytatywne i kościelne. Zgodnie ze swoją wolą został pochowany w Łowiczu.